지난 21일 국세청이 2009년 이후 걷은 종합부동산세의 산정이 잘못됐다는 판결을 서울행정법원이 내리면서 환급액에 대한 관심이 커지고 있다.
문제가 된 사안은 국세청이 이중과세를 막기 위해 종부세액에서 재산세를 공제해 세액을 산출하는 과정에서 국세청이 공제액을 잘못 산정했다는 것이다.
예컨대 10억원의 주택을 보유한 경우 종부세 과세기준금액 주택 6억원을 넘긴 4억원에는 공정시장가액비율을 80%를 곱한 3억2000만원을 종부세 과세표준으로 삼고 종부세액을 산정한다.
법원은 국세청이 종부세액을 산정하기 위해 사용한 가액비율을 곱하기 전 금액인 4억원을 재산세 공제해야한다고 판결했다. 국세청은 항소의사를 밝혀 대법원의 최종판결을 기다려야한다.
이번 판결로 소송을 낸 KT와 한국전력, 삼성테스코 등의 기업은 종부세 일부를 돌려 달라는 경정청구를 납세신고 한 날부터 3년 이내에 관할 세무서에 낼 수 있다. 2009년 세금을 낸 경우 2012년까지 청구해야 한다.
다만 국세청이 항소의사를 밝혔기 때문에 당장 환급 받기는 어렵고 소송을 내지 않은 법인이나 개인 납세자는 종부세 환급 대상에서 제외된다.
11월 세액이 고지되는 2011년분 종부세 납세자는 종부세를 내지 않고 환급 소송을 할 수 있다. 다만 최종 판결에서 국세청이 승소하면 종부세를 내지 않고 소송을 낸 납세자의 경우 3%의 가산금을 추가로 물어야 한다.
주택과 토지가 다른 세율을 적용하므로 환급액은 서로 다르다. 10억원 주택 보유자는 83만2000원을 종부세로 냈지만 이번 판결에 따라 64만원으로 줄어든 19만2000원을 환급받는다.
또 종부세에 20% 부가되는 농어촌특별세도 16만6400원에서 12만8000원으로 3만8400원 줄어 총 23만400원 돌려받을 수 있다.
10억원의 종합합산 대상 토지보유자는 42만원을, 100억원의 별도합산 대상 토지보유자는 134만4000원을 돌려받는다.
한편 이번 판결 대상은 2009년 이후 납부한 종부세로 이전의 종부세는 모두 종부세 과세기준금액을 초과하는 금액에 대해 재산세 공제를 해줬기 때문에 대법원의 확정 판결이 나와도 환급받을 수 없다.