이야기는 1493년 가을, 루도비코 일 모로의 궁중에서 시작된다. 레오나르도 다 빈치는 어머니 카테리나와 제자들과 함께 밀라노에 살면서 특정한 궁중 파티 준비부터 토목공사 및 기계 설계, 그림에 이르기까지 여러 분야에서 일을 한다. 그러던 어느 날 카스텔로 스포르체스코 안뜰에서 남자 시체가 발견된다.
다 빈치는 시체를 검사해달라는 루도비코 일 모로의 제안을 받게 된다. 그는 인간 해부구조를 잘 알고 있어 남자의 수수께끼 같은 죽음을 명확하게 밝힐 수 있는 유일한 사람이었다. 시체에는 질병이나 폭력의 흔적이 전혀 없다. 다 빈치는 남자가 갈비뼈가 조여서 질식사했다는 것을 알아내고 수도원장인 디오다토 신부를 심문하기 시작한다.
책 사이사이에는 편지와 서류 내용이 삽입됐다. 이 중에서 가장 두드러지는 것은 다 빈치가 자기 자신에게 쓰는 편지이다. 이것은 모두가 읽고 싶어 했으나 모로만 볼 수 있었던 다 빈치의 비밀 공책의 일부다. 그의 인간미도 볼 수 있다. 그는 자신의 실수에 대해서도 이 공책에 전부 다 기록해뒀다.
화학 박사인 저자는 다 빈치가 죽은 지 500녀니 지난 현대에 이 책을 썼다. 그는 문학과 과학, 역사와 범죄를 버무려 르네상스 시대의 가장 위대한 인물 중 하나를 되살려냈다. 이야기꾼답게 천재와 예술가라는 역할에 속박됐던 한 인물을 풍부하고 유쾌한 초상화로 그려냈다.
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